Die Fachbereichs- und Modullehrpläne enthalten jeweils die einleitenden Kapitel Bedeutung und Zielsetzungen, Didaktische Hinweise und Strukturelle und inhaltliche Hinweise sowie den Kompetenzaufbau als zentrales Element des Lehrplans. Im Kompetenzaufbau wird dargestellt, wie die Kompetenzen über die Volksschulzeit aufgebaut werden.
Auf der ersten Gliederungsebene sind die Fachbereiche und Module in Kompetenzbereiche unterteilt. Die Kompetenzbereiche orientieren sich an Fähigkeiten/Fertigkeiten (z.B. Hören, Lesen, Sprechen, Schreiben in den Sprachen) oder an Themen/Kenntnissen (z.B. Zahl und Variable in der Mathematik).
Wie die Kompetenzbereiche ausgerichtet sind, liegt in der fachdidaktischen Tradition und im aktuellen Stand der fachdidaktischen Entwicklung des jeweiligen Fachbereichs begründet.
Auf der nächsten Gliederungsebene werden die Kompetenzbereiche in Handlungs- bzw. Themenaspekte strukturiert. Nicht alle Fachbereichslehrpläne enthalten diese Gliederungsebene.
Zu jedem Kompetenzbereich bzw. jedem Handlungs- oder Themenaspekt werden Kompetenzen formuliert und deren Aufbau dargestellt. Die Kompetenzbeschreibungen lenken den Blick auf das Ende der Volksschule und beschreiben, was Schülerinnen und Schüler dann wissen und können.
Für jede Kompetenz wird der erwartete Aufbau an Wissen und Können pro Zyklus gestuft beschrieben. Damit wird zum Ausdruck gebracht, dass Kompetenzen kontinuierlich über einen bestimmten Zeitraum erworben werden. In den einzelnen Kompetenzstufen wird formuliert, über welche Vor- und Zwischenstufen sich umfassendere Kompetenzen aufbauen. Die Kompetenzstufen unterscheiden sich durch die Zunahme von Fakten-, Konzept- und Prozesswissen, durch die Erhöhung von Verstehensanforderungen, durch die höhere Komplexität der Anwendungssituation oder den Grad der Selbstständigkeit, mit der gearbeitet wird.
Die Stufenabfolge kann sich aus der fachlichen Logik ergeben. Das bedeutet, dass die Themen/Kenntnisse und Fähigkeiten/Fertigkeiten einer vorgängig erworbenen Kompetenzstufe zwingend die Grundlage für die nachfolgenden Kompetenzstufen bilden. Gibt es keine solche fachliche Logik, ist die Reihenfolge der Kompetenzstufen eine Setzung, die der Lehrplan vornimmt.
Der Kompetenzaufbau weist je nach Thema eine variable Anzahl Kompetenzstufen auf. Diese orientiert sich daran, was für den jeweiligen Kompetenzaufbau fachlich sinnvoll ist.
An den meisten Kompetenzen wird über alle drei Zyklen hinweg kumulativ gearbeitet. Einige Kompetenzaufbauten beginnen allerdings nicht zu Beginn des 1. Zyklus, sondern zu einem späteren Zeitpunkt, da für ihren Aufbau bestimmte Voraussetzungen in der Entwicklung und im Lernen der Kinder erfüllt sein müssen. Andere Kompetenzaufbauten werden vor Ende des 3. Zyklus abgeschlossen.
Eine leere Stufe am Anfang eines Kompetenzaufbaus bedeutet, dass mit der Arbeit an dieser Kompetenz nicht zu Beginn des 1. Zyklus begonnen wird.
Die Querverweise in den Fachbereichslehrplänen zeigen auf, wo ein Anknüpfungspunkt zu einem entwicklungsorientierten Zugang, zur Bildung für Nachhaltige Entwicklung, zu einem anderen Fachbereich oder Modul besteht.
Die Querverweise zu den entwicklungsorientierten Zugängen zeigen auf, welche Inhalte des Lehrplans des 1. Zyklus sich besonders für einen Unterricht unter einer Entwicklungsperspektive eignen.
Die Querverweise zur Bildung für Nachhaltige Entwicklung zeigen auf, welche Inhalte des Lehrplans sich besonders für einen Unterricht unter der Leitidee einer Nachhaltigen Entwicklung eignen.
Innerfachliche und fächerübergreifende Querverweise zeigen Verbindungen zwischen Inhalten des Lehrplans auf, die in verschiedenen Fachbereichen vorkommen und die sich ergänzen. Sie geben Anregungen für fächerübergreifendes Arbeiten oder zeigen auf, wo an bereits vorhandenes Wissen und Können der Schülerinnen und Schüler angeknüpft werden kann.
In der elektronischen Version des Lehrplans 21 sind die Querverweise jeweils mit einem Link hinterlegt. Dieser Link führt direkt an die Stelle im Lehrplan, auf die der Querverweis gesetzt ist.
Kompetenzbereiche oder Kompetenzen werden im Unterricht nicht linear abgearbeitet. Fast immer werden verschiedene Facetten einer oder mehrerer Kompetenzbereiche oder Kompetenzen gleichzeitig bearbeitet und zusammengeführt. Z.B. wird im Deutschunterricht eine Geschichte gelesen (Kompetenzbereich Lesen), darüber gesprochen (Kompetenzbereich Sprechen) und anschliessend in Gruppen eine szenische Darstellung einstudiert (Kompetenzbereich Literatur im Fokus). Dabei werden auch überfachliche Kompetenzen mitgeübt. Fachliche und überfachliche Kompetenzen unterschiedlicher Niveauabstufung werden in einem Unterrichtsvorhaben meist verbunden bearbeitet. (Siehe auch Grundlagen, Kapitel Lern- und Unterrichtsverständnis.)
Nicht alle im Lehrplan 21 aufgeführten Kompetenzen und Kompetenzstufen müssen beurteilt werden. Es obliegt der Professionalität der Lehrpersonen einzuschätzen, wann und mit welchen Mitteln sie Leistungen der Schülerinnen und Schüler einschätzen und beurteilen. Sie beachten dabei die im Kanton geltenden Regelungen. (Siehe auch Grundlagen, Kapitel Lern- und Unterrichtsverständnis.)
Pro Zyklus werden Grundansprüche ausgewiesen. Die Grundansprüche bezeichnen diejenigen Kompetenzstufen, welche die Schülerinnen und Schüler spätestens bis zum Ende des jeweiligen Zyklus erreichen sollen. Sie erreichen die Grundansprüche im Laufe des Zyklus zu unterschiedlichen Zeitpunkten. Viele Schülerinnen und Schüler arbeiten anschliessend an den weiterführenden Kompetenzstufen und erreichen auch die darin festgehaltenen Ansprüche. Für einzelne Schülerinnen und Schüler können die Grundansprüche bei Bedarf nach unten angepasst werden (Vereinbarung individueller Lernziele gemäss kantonalen Regelungen).
Die Schule als Institution und die Lehrpersonen haben den Auftrag, die Erreichung der Grundansprüche im Unterricht zu ermöglichen.
Die Beschreibungen der vorangehenden Kompetenzstufen werden im Text der Grundansprüche nicht wiederholt. Sie gehören zu den Grundansprüchen.
In einzelnen Fachbereichen sind bei wenigen Kompetenzaufbauten keine Grundansprüche gesetzt worden. Erklärungen dazu finden sich in den einleitenden Kapiteln des jeweiligen Fachbereichs unter Strukturelle und inhaltlich Hinweise.
In den Fachbereichen Sprachen, Mathematik und Natur, Mensch, Gesellschaft (NMG) wurden die Grundkompetenzen (nationale Bildungsstandards) der EDK in die Grundansprüche des Lehrplans eingearbeitet. So wird gewährleistet, dass Schülerinnen und Schüler, welche die Grundansprüche des Lehrplans erreichen, zugleich die Grundkompetenzen (nationale Bildungsstandards) der EDK erreichen.
Der Auftrag des Zyklus definiert, an welchen Kompetenzstufen in diesem Zyklus verbindlich gearbeitet werden muss. Die Schülerinnen und Schüler müssen im Unterricht die Möglichkeit erhalten, an den Kompetenzstufen, die über die Grundansprüche hinaus zum Auftrag des Zyklus gehören, zu arbeiten. Damit gehen die Vorgaben des Lehrplans über die Grundansprüche hinaus. Zusätzlich definiert der Auftrag des Zyklus zuhanden der Lehrmittelschaffenden, für welche Stufen des Kompetenzaufbaus ein Lehrmittel die nötigen Materialien bereitstellen muss.
In der Mitte des 1. Zyklus (Ende des Kindergartens), des 2. Zyklus (Ende 4. Klasse der Primarschule) und 3. Zyklus (Mitte der 2. Klasse der Sekundarschule) ist je ein Orientierungspunkt gesetzt. Die Orientierungspunkte legen fest, welche Kompetenzstufen bis zum Ende des Kindergartens und der 4. Klasse der Primarschule sowie bis zur Mitte der 2. Klasse der Sekundarschule verbindlich bearbeitet werden müssen. Sie dienen den Lehrerinnen und Lehrern als Planungs- und Orientierungshilfe.
In einzelnen Fachbereichen sind keine Orientierungspunkte gesetzt worden. Erklärungen dazu finden sich in den einleitenden Kapiteln des jeweiligen Fachbereichs unter Strukturelle und inhaltliche Hinweise.
Alle Schülerinnen und Schüler werden entsprechend ihrer Leistungsmöglichkeit in ihrem Wissens- und Könnensaufbau unterstützt. Aufgrund der individuellen Lernfortschritte endet der Auftrag an die Schule und die Lehrpersonen nicht, wenn die Schülerinnen und Schüler die Kompetenzstufen des Zyklus erreicht haben. Insbesondere befähigte Schülerinnen und Schülern sollen Gelegenheit erhalten, sich in zusätzliche Themen und Inhalte zu vertiefen (Enrichment) bzw. in eigenem Lerntempo an weiterführenden Kompetenzen oder Kompetenzstufen zu arbeiten (Akzeleration).
Die Kompetenzen und Inhalte des Lehrplans 21 gelten im Grundsatz für alle Kinder. Es wird aber auch mit dem Lehrplan 21 so sein, dass trotz gutem Unterricht einzelne Schülerinnen und Schüler die Grundansprüche in einem oder mehreren Fachbereichen nicht erreichen. In diesem Fall ist es nötig, den Lernstand der einzelnen Schülerin oder des einzelnen Schülers zu beurteilen und Fortschritte und Probleme im individuellen Lernprozess zu beobachten, so dass erfolgversprechende Fördermassnahmen eingeleitet werden können. Genügen diese Massnahmen nicht, können die Grundansprüche der Schülerinnen und Schüler im Einzelfall angepasst werden (Vereinbarung individueller Lernziele gemäss kantonalen Regelungen).
Der Lehrplan 21 gilt im Grundsatz auch für die Schülerinnen und Schüler mit besonderen pädagogischen Bedürfnissen (siehe Angaben in den beiden vorangehenden Abschnitten und die Einleitung zum Fachbereich Sprachen für Deutsch als Zweitsprache).
In zahlreichen Kompetenzstufenbeschreibungen des Lehrplans 21 werden Präzisierungen verwendet. Sie sind folgendermassen zu lesen: Eine Aufzählung von Inhalten in einer Klammer bedeutet, dass die aufgezählten Inhalte verbindlich zu bearbeiten sind. Im Fachbereich NMG sind diese Inhalte mit dem Symbol 
gekennzeichnet. Die Verwendung von z.B. bedeutet, dass die aufgezählten Inhalte eine Auswahl sind und der Illustration dienen. Die Lehrerinnen und Lehrer können aus den Beispielen auswählen oder andere Inhalte bearbeiten.
Die Querverweise zu Medien und Informatik sowie Beruflicher Orientierung zeigen auf, in welchem Fachbereich und Zyklus verbindlich am Kompetenzaufbau Medien und Informatik bzw. Berufliche Orientierung gearbeitet werden muss.
